Jak napovídá název, podstatou mantrajógy jsou mantry. Jedná se o vibrace vesmírné energie, které vznikají při zpěvu, respektive jde o slova, při jejichž odříkáváni nebo zpěvu tyto vibrace vznikají. V překladu znamená mantra "nástroj k myšlení". Jejím úkolem je totiž nasměrovat naše myšlení a vědomí k bohu.

Mantrou nemůže být cokoliv. Dnes je známa celá řada manter, všechny nám ale byly předány mudrci, kteří je zaslechli ve stavu hluboké meditace. Manter máme dvě základní skupiny. První jsou "univerzální mantry", které jsou určeny pro každého. Patří sem například mantra "Óm" nebo "So Ham". Pak jsou mantry osobní, které dostávají žáci od svého učitele. Jsou určeny přímo konkrétní osobě a ne vždy je dobré, aby se o ně člověk dělil s ostatními.

Všechny mantry v sobě obsahují prvotní vibraci vesmíru, která se nazývá anaháta náda. Totožnost názvu s anaháta čakrou není náhodná. Mantry lze totiž nejvíce pociťovat právě v anahátě, tedy v srdci.

Opakováním manter jednak očišťujeme mysl, zaměřujeme ji na nejvyšší princip, ale také rozezníváme vesmírné vibrace. Tyto vibrace tady sice stále jsou, mají ale neprojevený aspekt. Mantrami dosáhneme toho, že se projeví. Tím projevem je vlastní zvuk. Při zpěvu pak zažíváme pocit blaha, pocit příjemného chvění.

Mantry můžeme odříkávat nahlas, šeptem nebo jen v mysli. Lze je také opakovaně psát. I to má svůj význam. Někdy se odříkávají s tlukotem srdce. Většinou se mantry opakují v určitém počtu. K tomu se používá mála, což jsou kuličky navlečené na niti, pomocí kterých počítáme odrecitované mantry.

Praxe recitace manter se nazývá džapa. Technik je zase několik a všechny patří do praxe jógy obecně. Mantrajóga je cesta, na které se adepti snaží dosáhnout cíle pouze skrze mantry.